Moderne znanosti, koristeći logiku kao alat spoznaje, često nailaze na teorijske suprotnosti ili suprotnosti između posljedica teorije i verbaliziranih rezultata iskustva, eksperimentiraju. To je posljedica logičkih pogrešaka u konstrukciji prosudbi, nesavršenosti trenutno postojećih znanstvenih metoda ili nedovoljne točnosti instrumenata koji se koriste u eksperimentima, kao i neadekvatnosti prihvaćene idealizacije, odnosno pogrešne aksiomatizacije teorija.
Prisutnost paradoksa potiče nova istraživanja, dublje razumijevanje teorije, njenih "očiglednih" postulata i često dovodi do njezine potpune revizije.
Paradoksi otkrivaju duboke struje kognitivnog procesa. Izričući se o neposrednoj nevolji u znanosti, one ju istovremeno odlučno guraju naprijed i upravo iznoseći nove, još paradoksalne ideje.
Primjeri paradoksa u znanosti su Russell-ov paradoks, Banach-Tarskijev paradoks, Garaijev paradoks, Smaleov paradoks, Hausdorffov paradoks, EPR paradoks, Kozmološki paradoksi.
Paradoksi u znanosti s jedne strane označavaju krizu starih znanstvenih saznanja (koja objašnjava negativan stav mnogih znanstvenika prema ovom fenomenu), s druge strane doprinose razvoju novog, što dokazuje njihovu korisnost, pa čak i određenu nužnost. Ovdje možete vidjeti izbor između mira i razvoja. Ako znanost preferira razvoj, onda bi znanstvenici trebali uzimati paradokse zdravo za gotovo i pokušati koristiti znanje koje daju, unatoč svojoj nepoznatosti i suprotnosti ustaljenim pravilima. Upravo se to razumijevanje paradoksa pretpostavlja da je optimalno za razvoj znanosti u današnje vrijeme.