Skupina znanstvenika poslala je Ministarstvu obrazovanja i znanosti, kao i odgovarajućem disertacijskom vijeću, žalbu na odluku zajedničkog disertacijskog vijeća D 999.073.04 o dodjeli Pavlu Khondzinskom znanstvenog stupnja kandidata teologije (prema zaključku vijeća), znanstvenog stupnja kandidata filozofskih znanosti (prema sažetku autora). Tekst žalbe objavljen je u javnoj domeni.
Autori dokumenta napominju da znanstveni stupanj proglašen sažetak i tekst disertacije ne odgovara stupnju navedenom u dokumentima stvorenim nakon obrane: popisu članova disertacijskog vijeća koji su sudjelovali na sastanku tijekom obrane disertacije i zaključku disertacijskog vijeća. 1. lipnja, kada se odvijala obrana, nije bilo regulatornih dokumenata koji bi sugerirali mogućnost stjecanja stupnja "kandidata teologije", napominju autori.
Nadalje, navodi se da podaci o rezultatima javne obrane nisu objavljeni na Internetu u roku od deset dana od dana održavanja disertacijskog vijeća, a vrijeme nastanka objavljenih dokumenata je lažno naznačeno. Konačno, tijekom rada disertacijskog vijeća došlo je do kršenja načela javnosti: nisu samo osobe koje žele sudjelovati u raspravi, nego i novinari nisu bili dozvoljeni na sastanak. Prema mišljenju apelanta, te činjenice ukazuju na brojne povrede trenutne Uredbe o Vijeću za obranu disertacije.
Dokument su potpisali Jurij Pančin (Institut za probleme prijenosa informacija Ruske akademije znanosti), Vladimir Alešin (Znanstveno-istraživački institut za fizičku i kemijsku biologiju nazvan po A. N. Belozersky, Moskovsko državno sveučilište), Aleksandar Kuznetsov i Dmitrij Shcherbakov (Paleontološki institut RAS).
Disertacijsko vijeće dodijelilo je Pavlu Khondzinskom doktorat teologije 1. lipnja 2017. Od 22 vijećnika, 21 je glasao za (jedan je glasački listić nevažeći jer je pogrešno popunjen). Tema disertacije je "Rješavanje problema ruske teologije 18. stoljeća u sintezi svetog Filareta, moskovskog mitropolita." Kasnije je odluku vijeća odobrilo Ministarstvo obrazovanja i znanosti.