Bakteriofagi koji sadrže DNK bez repa nisu se mogli otkriti standardnim metodama - ali sada znanstvenici vjeruju da oni dominiraju svjetskim oceanima.
Svaka kap vode koja nije previše duboka od morske površine sadrži oko 10 milijuna virusa. Malo je iznenađujuće da biolozi neprestano otkrivaju nove, iako je otkriće potpuno nove skupine još uvijek vrlo rijetko. Čini se da standardne tehnike jednostavno nisu dopuštale da se primijete, iako se pokazalo da su takvi virusi izuzetno brojni - možda su rašireni ne samo u oceanu i jednostavno su izbjegli znanstvenike.
Martin Polz s Tehnološkog instituta u Massachusettsu i njegovi kolege pregledali su uzorke vode uzetim sa sjevernoameričke obale Atlantskog oceana. Tražili su viruse koji sadrže dvolančanu DNK - takvi su virusi izuzetno rašireni, uključujući herpes i bakteriofag T4 (Caudovirales) koji su poznati iz škole. Zaražujući kulturama morskih bakterija Vibrionaceae, znanstvenici su otkrili 200 različitih DNA virusa, od kojih je 18 pripisano novom redu Autolykiviridae. O tome pišu u članku objavljenom u časopisu Nature.
Naziv grupe odnosi se na heroja grčke mitologije Autolycus, lukavog lopova kojeg je tako teško uhvatiti kao ove viruse. "Najčešći virusi na Zemlji su virusi koji inficiraju bakterije koji sadrže dvolančanu DNK", pišu Poltz i njegovi koautori. „Međutim, Caudovirales s repom virusa, koji dominiraju u bazama podataka i kolekcijama usjeva, nisu reprezentativni za njihovu prisutnost u okolišu. Zapravo virusi bez repa dominiraju u uzorcima vode."
Bakterijske stanice zaražene autolykiviridae / MIT Phages, Kauffman i sur., 2018.
Bakterijski faktori Autolykiviridae bez repa razlikuju se malom veličinom genoma - samo oko 10 tisuća baza, 4-5 puta manje nego u rođaka s "repovima". Njihova sposobnost da inficiraju i ubiju bakterijske stanice također je bila neobična. Ako su obični fagovi u eksperimentima, u pravilu, utjecali na jednu određenu vrstu vibriona, one su se zarazile u prosjeku četiri i dovele do primjetno veće smrtnosti stanica. "Utvrđeno je da su odgovorni za 40 posto smrti od bakterija, iako su činili oko 10 posto ukupnog broja virusa u uzorku", objašnjava jedan od autora rada.
Vibrio bakterije različitih vrsta smještene su duž perimetra dijagrama, krugovi virusa koji ih inficiraju povezani su s njima: plavi - bakteriofagi s "repovima", narančasti - "bez repa" Autolykiviridae / MIT, Kauffman i sur., 2018.
Ti podaci pokazuju veliku ulogu koju nova skupina Autolykiviridae igra u regulaciji populacija bakterija i u biosferi u cjelini. Znanstvenici su uvjereni da će njihova tehnika pomoći pronaći viruse koji su prije izbjegli otkrivanje u tlu, a možda i u ljudskom crijevu. Slični genetski nizovi se zaista nalaze u genima bakterija u ljudskoj mikroflori.
Promotivni video:
Sergej Vasiliev
