Izvještaj o rezultatima genetske analize uzoraka tkiva mumija pronađenih u Peruu. Ovo je izvješće pripremljeno u studenom 2018. godine.
izvođači
- CEN4GEN laboratoriji (6756 - 75 Street NW Edmonton, AB Canada T6E 6T9) - Priprema uzoraka i sekvenciranje.
- ABRAXAS BIOSYSTEMS SAPI DE CV (Meksiko) - računalna analiza podataka.
Nakon preliminarne analize kakvoće, od 7 poslanih uzoraka na daljnju analizu uzeta su 3 uzorka.
Uzorci za analizu
| Oznaka | izvorno ime | Uvjetni naziv | Slika |
| Drevni-0002 | Kosti na vratu medene sjede 00-12 Victoria 4 | Viktorija | Sl. 3.117 |
| Drevni-0003 | 1 ruka 001 | Odvojena ruka s 3 prsta | Slika 3.118 |
| Drevni-0004 | Momia 5 - DNK | Viktorija | Sl. 3.117 |
Za ove uzorke izvedene su sljedeće operacije:
Promotivni video:
- Ekstrakcija DNA.
- Provjera kvalitete DNK.
- Umnožavanje DNK
- Stvaranje DNK biblioteke.
- Sekvence DNA.
- Formiranje pročišćenih sekvenciranih podataka.
- Kontrola kvalitete.
- Preliminarna analiza prekrivanjem DNA očitava na ljudskom genomu.
- Analiza za izolaciju kratke DNA očitava se tipično za drevnu DNK.
- Prekrivanje DNA Ancient0003 čita se na postojećim bibliotekama ljudskog genoma.
- Analiza mitohondrija za otkrivanje varijanti D-petlje i druga informativna mjesta za određivanje mitohondrijskih haplotipova.
- Određivanje spola uzoraka Ancient0003.
- Identifikacija mogućih stranih organizama u uzorcima.
- Analiza baza podataka DNK radi utvrđivanja sličnosti s poznatim organizmima.
Slika 3.117. Izvlačenje uzoraka s Viktorijinog vrata.
Da bi se identificirali mogući tipovi organizama prisutni u uzorcima Ancient0004 i Ancient0002 (Victoria), provedeno je skiciranje genomske DNA (Ondov i sur., 2016), u kojima su skupine kratkih fragmenata, k-mers, uspoređene s dostupnim bazama podataka. Upotrijebljen je BBTools softver.
Ispitivani su sljedeći organizmi:
- Bakterija.
- Virus.
- Plazmida.
- Faga.
- Gljive.
- Plastida.
- Dijatomeje.
- Ljudski.
- Bos Bik.
- H penzbergensis.
- PhaseolusVulgaris.
-
Mix2: Oznaka za sljedeće genome:
- Kloroplast Lotus japonicus, kompletan genom.
- Canis lupus familiis cOR9S3P olfaktorni receptor porodice 9 podskupina S pseudogena (cOR9S3P) na kromosomu 25.
- Vigna radiata mitohondrij, kompletan genom.
- Millettia pinnata kloroplast, kompletan genom.
- Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, čitav niz gena puške.
- Asinibacterium sp. OR53 skela1, niz pušaka sa cijelim genomom.
- Bacillus firmus soj LK28 32, cijeli niz gena sačmarica.
- Kloroplast Bupleurum falcatum, kompletan genom.
- Alicycliphilus sp. B1, cijeli niz gena pušaka.
- Bacillus litoralis soj C44 Skele1, cijeli niz gena sačmarica.
- Chryseobacterium takakiae soj DSM 26898, cijela sekvenca genoma puške.
- Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
- Bacillus halosaccharovorans soj DSM 25387 Skele3, niz pušaka cijelog genoma.
- Rhodospirillales bakterija URHD0017, cijela sekvenca genoma puške.
- Bacillus onubensis soj 10J4 10J4_trimmed_contig_26, cijela sekvenca genoma puške.
- Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, čitav niz gena puške.
- Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, čitav niz gena puške.
-
Kralježnjaci: Oznaka za sljedeće genome:
- Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta.
- bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta.
- bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta.
- GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
- GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna.
- GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
- GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
- Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna.
- rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
- Protozoa.
Slika 3.118. Slika i radiograf dviju ruku s tri prsta.
Nakon svih filtera, primljeno je 27974521 čitanja za Ancient0002 i 304785398 čitanja za Ancient0004. To pokazuje da se 27% DNK iz uzorka Ancient0002 i 90% DNA iz uzorka Ancient0004 ne mogu identificirati s DNK uzorcima analiziranih organizama iz dostupnih baza podataka.
Sljedeća faza analize provedena je pomoću megahit v1.1.3 softvera (Li i sur., 2016). Dobiven je sljedeći rezultat:
- Ancient0002: 60852 contigs, ukupno 50459431 bp, min 300 bp, max 24990 bp, prosječno 829 bp, N50 868 bp, 884.385 (5,39%) sastavljenih čitanja.
- Ancient0003: 54273 contigs, ukupno 52727201 bp, min 300 bp, max 35094 bp, prosjek 972 bp, N50 1200 bp, 20,247,568 (65,69%) sastavljenih čitanja.
Rezultat analize prikazan je na slici.
Slika 3.116. Omjer klasificiranih čitanja za 28073655 čitanja Ancient0002 (gornji graf) i 25084962 čitanja Ancient0004 (donji graf) u usporedbi s 34904805 DNK baze koja predstavlja 1109518 taksonomske skupine.
Zaključak
Kao rezultat analize, pokazano je da uzorci Ancient0002 i Ancient0004 (Victoria) ne odgovaraju ljudskom genomu, dok uzorak Ancient0003 dobro odgovara ljudskom.
Komentar Korotkov K. G
Imajte na umu da je trokraka ruka pripadala velikom stvorenju, veličine koja se može usporediti s Marijom, a dobiveni rezultat odgovara rezultatu Marijine DNK analize. Victoria je predstavnik "malih stvorenja", a rezultat pokazuje da njihov DNK ne odgovara nijednom modernom zemaljskom biću. Prirodno, nemamo podatke o drevnim bićima koja su nestala tijekom milijuna godina.
linkovi
- Corvelo, A., Clarke, WE, Robine, N., & Zody, MC (2018). taxMaps: sveobuhvatna i vrlo točna taksonomska klasifikacija kratko pročitanih podataka u razumno vrijeme. Istraživanje genoma, 28 (5), 751-758.
- Gamba, C., Hanghøj, K., Gaunitz, C., Alfarhan, AH, Alquraishi, SA, Al-Rasheid, KAS, … Orlando, L. (2016). Usporedba performansi triju drevnih metoda ekstrakcije DNA za sekvenciranje s visokom propusnošću. Molekularni ekološki resursi, 16 (2), 459-469.
- Huang, W., Li, L., Myers, JR, & Marth, GT (2012). ART: simulator čitanja slijeda sljedeće generacije. Bioinformatika, 28 (4), 593-594.
- Li, D., Luo, R., Liu, C.-M., Leung, C.-M., Ting, H.-F., Sadakane, K., … Lam, T.-W. (2016). MEGAHIT v1.0: Brzi i skalabilni aparat za metagenome vođen naprednim metodologijama i praksama u zajednici. Metode, 102, 3-11.
- Ondov, BD, Treangen, TJ, Melsted, P., Mallonee, AB, Bergman, NH, Koren, S., i Phillippy, AM (2016). Mash: brza procjena udaljenosti genoma i metagenoma pomoću MinHash-a. Genome Biology, 17 (1), 132.
- Schubert, M., Ermini, L., Der Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., … Orlando, L. (2014). Karakterizacija drevnih i suvremenih genoma otkrivanjem SNP-a i filogenomskom i metagenomskom analizom pomoću PALEOMIX-a. Protokoli prirode, 9 (5), 1056-1082.
- Weissensteiner, H., Forer, L., Fuchsberger, C., Schöpf, B., Kloss-Brandstätter, A., Specht, G., … Schönherr, S. (2016). mtDNA Server: Analiza podataka o sekvenciranju sljedeće generacije ljudske DNK mitohondrije u oblaku. Istraživanje nukleinskih kiselina, 44 (W1), W64-W69.
- Zhang, J., Kobert, K., Flouri, T., & Stamatakis, A. (2014). PEAR: brzo i precizno spajanje Illustina Paired-End spajanjaR. Bioinformatika, 30 (5), 614-620.
Građa koje su osigurali Konstantin Georgievich Korotkov (doktor tehničkih znanosti, profesor, Sveučilište za informacijske tehnologije, mehaniku i optiku) i Dmitrij Vladislavovich Galetsky (kandidat medicinskih znanosti, I. P. Pavlov Prvo državno medicinsko sveučilište u Sankt Peterburgu)