Izgubljeni gradovi u Amazoni dugo su bili klišeji u slaboj fikciji; ozbiljni znanstvenici smatrali su selvu okruženjem u kojem mogu postojati samo primitivne ljudske kulture. Antropološke studije do sada su potvrdile ovo gledište: Amazon je mjesto u kojem žive indijanska plemena, a nalazi se na razini kamenog doba
Međutim, arheološki podaci suprotstavljaju se antropološkim podacima: znanstvenik sa Sveučilišta Florida (SAD) Augusto Oyuela-Caicedo provodi iskopavanja na sjeveroistoku Perua, u džungli u blizini grada Iquitos. Njegovi nalazi potvrđuju teoriju koja se nedavno proširila u znanstvenim krugovima da je prije dolaska Europljana u Amazonu postojala razvijena kultura s populacijom do 20 milijuna ljudi (puno više od sadašnjih stanovnika Amazone).
Nalazi u indijskim kokošima - grnčarstvu i zemlji, uglavnom takozvanoj terra preta („crna zemlja“), koja je mješavina lokalnog tla s ljudskim otpadnim proizvodima, ugljenom i pepelom. Tragovi izumrle kulture nalaze se svugdje u Amazoni: slojevi tera preta brazilski arheolog Eduardo Neves sa Sveučilišta u São Paulu i njegovi američki kolege nalaze u blizini Manausa. Indijci su povećali produktivnost džungle ne samo gnojidbom tla: posvuda postoje područja džungle s nenormalnim brojem stabala koja nose jestive plodove. Prema pristalicama postojanja naprednih civilizacija u amazonskom bazenu u pretkolumbijsko doba, to su ostaci voćnjaka. Arheološki nalazi u Boliviji i Brazilu (u blizini rijeke Xingu) ukazuju na:već krajem 1. tisućljeća nove ere stanovnici Amazone mogli su pomicati tona tla, graditi kanale i brane koji su mijenjali korita rijeka.
Promjena mišljenja znanstvenika o drevnim kulturama Amazonskog bazena započela je istraživanjem Ane Roosevelt sa Sveučilišta Illinois u Chicagu 1980-ih: na najvećem svjetskom slatkovodnom otoku Marajo na ušću u Amazon otkriveni su temelji kuća, visokokvalitetnog posuđa i tragovi razvijene poljoprivrede.
Znanstvenici koji negiraju postojanje naprednih kultura u Amazoni u prošlosti (na primjer, Betty Meggers iz Smithsonian Institucije) smatraju teoretičare oportunistima koji žele postati poznati suprotstavljajući se klasičnim pogledima. Oni tvrde: ako je u slivu Amazonije postojalo naprednije autohtone kulture nego sada, onda se one nisu previše razlikovale od sadašnjih - ni u smislu razvijenosti, ni broja stanovništva.
Kao odgovor, adepti razvijenog Amazona citiraju španjolskog dominikanskog redovnika i kroničara Gaspar de Carbajal, koji je 1541. godine, ploveći rijekom Napo, pisao o "pjenušavim bijelim gradovima", "vrlo plodnoj zemlji", "prelijepim cestama" i kanuima sposobnim da nose desetine ratnika. … Znanstvenici tvrde da je napredna civilizacija umrla zbog bolesti koje su donijeli Europljani, a gradovi izgrađeni od drveta i relativno kompaktnih polja vrlo su brzo i gotovo u potpunosti progutali džunglu. (Ovdje treba imati na umu da različite kulture imaju različite sposobnosti ostavljanja tragova arheolozima - ovisno o upotrijebljenim materijalima. Da nije bilo nekoliko čudesno sačuvanih bilješki o lako propadanju kore breze, većina drevnih Novgorođana smatrala bi se nepismenima.)
I još jedna optužba protiv onih koji Amazonu smatraju domovinom visoko razvijene kulture: svojim izjavama o sposobnosti regije da prehrani milijune ljudi bez štete za okoliš, oni pomažu korporacijama koje lobiraju za aktivni razvoj regije. Eduardo Neves reaguje na ovaj način: "Mi humaniziramo povijest Amazone."