Smatra se da je prva poznata primjena kriptografije uporaba posebnih hijeroglifa prije otprilike 4000 godina u starom Egiptu. Elementi kriptografije nađeni su već u natpisima Starog i Srednjeg kraljevstva, potpuno kriptografski tekstovi poznati su još iz razdoblja XVIII dinastije. Hijeroglifsko pisanje, izvedeno iz piktografije, bilo je prepuno ideograma i kao rezultat nedostatka vokalizacije omogućilo je stvaranje fonograma prema principu zagonetki.
Kriptografija Egipćana nije korištena za otežavanje čitanja, već sa željom da pisari nadmašu jedni druge duhovitošću i domišljatošću, a također da uz pomoć neobičnosti i misterioznosti privuku pažnju na svoje tekstove. Jedan od ilustrativnih primjera su tekstovi glorifikacije plemića Khnumhotepa II (XIX. St. Pr. Kr.) Koji su pronađeni u dobro očuvanoj grobnici br. BH 3 na području Beni Hasana.
Stari Egipćani koristili su najmanje tri sustava šifriranja.
U drevnim indijskim tekstovima, među 64 umjetnosti, imenovane su metode promjene teksta, neke od njih mogu se pripisati kriptografskim. Autor tableta s receptom za izradu glazure za keramike iz Mezopotamije koristio je rijetke oznake, izostavio slova i zamijenio imena brojevima kako bi sakrio ono što je napisano. U budućnosti se pojavljuju razne reference na uporabu kriptografije, od kojih se većina odnosi na uporabu u vojnim poslovima.
Pojavom fonetskog pisanja pisanje je odmah pojednostavljeno. U drevnoj semitskoj abecedi u II tisućljeću prije Krista bilo je samo oko 30 znakova. Označavali su konsonante, kao i neke samoglasne zvukove i slogove. Pojednostavljenje pisanja dovelo je do razvoja kriptografije i enkripcije.
Primjeri upotrebe kriptografije mogu se naći u svetim židovskim knjigama, uključujući knjigu proroka Jeremije (6. stoljeće prije Krista), gdje je korištena jednostavna metoda šifriranja nazvana atbash. Umjesto prvog slova abecede napisali su posljednje, umjesto drugog - pretposljednje i tako dalje.
Jedan od najstarijih poznatih kriptografskih uređaja je skitala, također poznata kao "šifra drevne Sparte". Skitala (ili scitala s grčkog σκυτάλη, štapić) je uređaj koji se koristi za izvođenje permutacijske enkripcije. Skitala se sastojala od cilindra i uske trake pergamenta omotane oko nje u spiralu, na kojoj je bila napisana poruka. Ovaj uređaj izmislili su Spartanci, a poznato je da se koristio u ratu Sparte protiv Atene krajem 5. stoljeća prije Krista. e.